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方舟子在2001年抄袭英国《自然》杂志 (2767 查看)
发布: 亦明
日期: December 09, 2010 03:18PM

从2001年8月底起,方舟子似乎成了《南方周末》的专栏作家,每周发表一篇科普文章。笔者已经证明,他在那年8月30日发表的《布什失策干细胞?》,有大约五分之一是抄袭自《纽约时报》半个月前发表的一篇文章,而其余部分,则是根据《纽约时报》的一组专题文章“编译”而成。三周后,方舟子在《南方周末》发表《科学地解决道德难题?》一文。现已证明,那篇文章主要抄袭美国《科学》杂志。(详见亦明:《方舟子抄袭剽窃他人20 例》,[www.rainbowplan.org]; amp;forum=1)。

方舟子的抄袭历史,可以上溯到他在中国科技大学读书时代。而方舟子自己曾说:

“一般来说,如果作者有抄袭的恶习而又能得逞,就不会偶尔为之尝到点甜头就洗手不干,……。”(方舟子:《郭沫若抄袭钱穆了吗?》)。

这相当于夫子自道。这样一来,我们就会自然而然地产生这样一个问题:既然方舟子发表在《南方周末》的第一、第三篇文章都是来自抄袭,那么,他的第二篇文章,是不是也是抄袭而来?如果是,他抄袭了谁?

方舟子在《南方周末》发表的第二篇文章是《在基因组上安置中国邮差》,发表于2001年9月6日。该文两天后在新语丝上发表,尾注作于2001年 8月16日。其实,仅看题目,明眼人就知道方舟子对这个问题根本不懂。原来,方舟子所要“科普”的问题,是基因组学中的最基本问题,也就是如何将基因组序列碎片还原成完整的基因组,而使差错最小。因此,标题应该是“让中国邮差帮助基因组计划”之类,而不是把中国邮差“安置”在“基因组上”。(“中国邮差”Chinese Postman Problem是一个数学问题)。显然,一个连标题都写不明白的人,是绝对不可能独自撰写一篇一千七百余字的科普文章的。那么,方舟子到底又偷了谁的文字?

2001年8月14日,英国《自然》杂志的网站发表了一篇文章,题目是New path lays DNA puzzles bare (见:[www.nature.com])。不用说,方舟子的文章就是抄自这篇文章。请看下面的比较:

方舟子1:“为什么在组装时会发生错误?我们需要了解一点序列组装的原理。……道理虽然简单,实际应用时却非常复杂,因为人类基因组很大的一部分属于高度重复的序列,在组装时难以确定究竟是重叠区还是原有的重复序列。而且,由于测序错误的存在,对同一段序列可能会有不同的测序结果——换言之,略有差异的测序结果可能不是属于重复序列而是同一序列,这就使得问题变得更加复杂。”

《自然》1:“All sequencing projects involve breaking up a genome and putting it back together again. ……Although the public Human Genome Project took a more structured approach, both groups faced similar problems when re-assembling their sequences.”“Chief among these is that large genomes such as ours are very repetitive, like a jigsaw with many identically shaped pieces. Sequencing errors compound the problem - you don't know whether you're looking at different stretches of DNA or not.”

方舟子2:“已有许多计算机程序能自动对小片段序列进行组装。它们采取的计算方式,类似于解决一个经典的数学问题——推销员问题(正式的名称叫哈密尔顿途径):如果一个推销员要在许多个城市推销,每个城市必须而且只能经过一次,如何找到最短的路程?并没有特定的公式可以对此进行计算,唯一的解决办法是找到所有可能的路程加以比较,选出最短的一种。”

《自然》2:“Sequence assembly is analogous to finding the shortest route through many cities that passes through each only once. Often called the travelling salesman problem, this puzzle is officially known as a hamiltonian path.”“Mathematicians call problems like this NP-complete: the only way to solve them is to try every possible route.”

方舟子3:“最近,加州大学圣地亚哥分校的佩夫兹那(Pavel Pevzner)实验室在《美国科学院院刊》宣布找到了一种进行序列组装的新办法。他们把已有的基因组片段再进行一次切割,切割成大小一样的更小的片段。这样,他们就把基因组序列的‘哈密尔顿途径’变成了‘欧拉途径’:在此一途径中,每个城市不限定只能访问一次,想去多少次都可以,但是每一条路只能走一次。从这个网络中找出最短的路程的问题,被称为中国邮差问题。在数学上,要追踪中国邮差比追踪推销员容易得多。”

《自然》3:“By breaking the chunks of DNA into smaller fragments of equal size, Pavel Pevzner, of the University of California, San Diego, and his colleagues have transformed the hamiltonian path of genome sequencing into a 'eulerian path'. ”“In a eulerian path, instead of visiting every city once only, you must travel down every road once only - passing through each junction as often as you like. Finding the shortest route through this network is called the Chinese postman problem.”“Chinese postmen are much more mathematically tractable than travelling salesmen.”

方舟子4:“佩夫兹那实验室用这个方法写出了一个新的序列组装程序——‘欧拉’,并对脑膜炎奈瑟氏球菌的基因组片段进行了组装,结果没有任何错误,而其他的组装程序都 出现了错误。但是,细菌的基因组所含的重复序列,要比高等生物的基因组少得多。‘欧拉’在组装高度生物,特别是人类的基因组片段时,是否比其他组装程序更有优势,还有待检验。剑桥大学分子生物学实验室正在试验用这个程序组装高度生物的基因组片段,初步的结果看起来很有成效。”

《自然》4:“In a play-off against other genome assemblers including PHRAP, used by the Human Genome Project, Pevzner's program, christened EULER, was the only one to make no errors piecing together fragments of the Neisseria meningitidis genome, the bacterium that causes meningitis. ”“Bacterial genomes are relatively unrepetitive, so the researchers - and sequencing labs such as the UK's Sanger Centre - are in the process of giving EULER stiffer challenges using data from higher organisms.”

大致说来,方舟子的文章,有一半抄自《自然》的文章。可笑的是,这位“有口皆碑”的“生物信息学家”,在抄人家的科普文章时,都会抄错。比如,在上面引用的第一段文字中,方舟子写道:

“而且,由于测序错误的存在,对同一段序列可能会有不同的测序结果——换言之,略有差异的测序结果可能不是属于重复序列而是同一序列,这就使得问题变得更加复杂。”

假如你对这段话的意思摸不着头脑,千万不要怪罪自己太笨,或者知识不足。即使是对基因组学略有研究的亦明兄(在笔者的《高级植物分子生物学》中,专门有基因组学一章)对此也是一头雾水。实际上,《自然》的文章是说,当你拿到两段相同的DNA序列之时,你搞不明白他们到底是同一个东西,还是来自位于基因组不同区域的重复序列。而因为测序本身不是百分之百的准确,会使略有不同的序列相同,或使完全相同的序列略有不同,因此这样的麻烦更为棘手。也就是说,方舟子这个“文抄公”连“二道贩子”都算不上,因此只能说是一个“头道骗子”。

总之,方舟子给《南方周末》撰写的前三篇稿子,分别抄袭自《纽约时报》、《自然》杂志、《科学》杂志,全部是名牌产品。可见这位“名盗”是不偷无名之辈的。那么,他给《南方周末》撰写的第四篇稿子,是不是抄袭的呢?如果是,受害人是谁呢?且听下回分解。

加一条旁证
虹桥科教论坛 [www.rainbowplan.org]


送交者: 洪荞 于 2010-11-16 13:15:05

回答: 方舟子九年前曾抄袭《自然》杂志 由 亦明 于 2010-11-15 23:36:57

方舟子2: . . . 唯一的解决办法是找到所有可能的路程加以比较,选出最短的一种。
《自然》2: . . . the only way to solve them is to try every possible route.

《自然》的这句话是错的。 对此方舟子十分忠实地翻译过来,恰恰证实了他的抄袭。

学过算法的人都知道,这个问题十分重要所以它的算法也成千上万。但所有这些算法的计算量,与穷举法(找到所有可能的路)一样,都是指数级的。 此外,所有这些算法或多或少都会在某些部分用到穷举法。为强调这一现象,有人会说所有这些算法的本质还是穷举法 -essentially the only way to solve this problem is exhaustive search. 《自然》文章的作者(作为外行)显然误解了这一说法,这才有了“唯一的解决办法”的说法。

在古狗上搜 "hamiltonian path" + "only way to solve",只搜到《自然》和两篇有这种说法的文章。这两篇好象是《自然》文章的另一版本。因此可以说《自然》文章是唯一有这种说法的文章。这也就证明了方舟子原话的出处是《自然》。  



被编辑1次。最后被亦明编辑于01/13/2011 06:30AM。

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方舟子在2001年抄袭英国《自然》杂志 (2767 查看) 亦明 12/09/2010 03:18PM


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